Muteesa lahir di rumah seorang mubaligh pakar perubatan di Makindye, Kampala pada 19 November 1924. Beliau merupakan putera kelima Raja Daudi Cwa II (1897-1939) dan Puan Irene Drusilla Namaganda dari puak Nte.

Baginda dididik di King's College Buddo iaitu salah satu sekolah berprestij dalam jajahan Uganda; beliau meenruskan pengajian di Magdalene College, Cambridge, England. Di sana, beliau menyertai Kor Pegawai Latihan Universiti tersebut (University Officer Training Corps) dan kemudiannya dinaikkan pangkat sebagai kapten dalam Grenadier Guards.[1]